Ngược dòng lịch sử thì phái Thammayuttinikaya được tách ra từ sự mâu thuẫn giữa một nhà sư thuộc dòng dõi hoàng tộc và sau này trở thành vua Mongkut, tức Rama IV và hoà thượng trưởng lão Phật giáo Thái Lan Wat Mahathad. Chính sự mâu thuẫn này đã tạo ra sự xung khắc giữa hai phái về sau này. Năm 1962 đạo luật về giáo hội quy định rằng người đứng đầu Phật giáo Thái Lan, người được xem như là “vua của các nhà sư” sẽ được bổ nhiệm bởi nhà vua và vị này sẽ điều hành Phật giáo Thái Lan thông qua hội đồng Phật giáo Thái Lan bao gồm 21nhà sư hàng đầu. Nhà vua có quyền tuyệt đối trong việc bổ nhiệm người đứng đầu hội đồng này. Quyết định này đã gây thất vọng cho các nhà sư thuộc phái Mahanikaya vì hầu hết những trưởng lão Phật giáo Thái Lan được bổ nhiệm đều thuộc phái Thammayuttinikaya.
Vào năm 1991 chính quyền quân sự Suchinda Krapraoon đã sửa đổi Đạo luật năm 1962. Luật mới đã giới hạn quyền lực của nhà vua trong việc bổ nhiệm người đứng đầu giáo hội mà thay vào đó sẽ dựa theo nguyên tắc khác. Đó là thời gian mà một nhà sư được tín nhiệm ở trong hội đồng Phật giáo Thái Lan càng lâu thì vị đó có nhiều khả năng sẽ là trưởng lão Phật giáo Thái Lan tiếp theo cho dù người đó thuộc phái nào và nhà vua chỉ được bổ nhiệm các vị trí hàng đầu khác dựa trên sự giới thiệu của các vị trụ trì các ngôi chùa hoàng gia ở Bangkok. Như vậy theo nguyên tắc này thì 2 ứng cử viên tiếp theo trong năm đó sẽ là hoà thượng Phra Putthacharn, trụ trì chùa Saket và hoà thượng Phra Maha Theracharn, trụ trì chùa Chanasongkram. Cả hai đều thuộc phái Mahanikaya.
Trước biến cố 11/9, Lãnh đạo đảng Thai Rak Thai của chính quyền cũ thì ủng hộ phái Mahanikaya vì phái này chiếm đa số. Hoà thượng Phra Putthacharn đã được đảng này ủng hộ làm trưởng lão Phật giáo Thái Lan tiếp theo vì trưởng lão hiện tại đang bị bệnh nặng nên không thể tham gia hầu hết các hoạt động của giáo hội. Nhưng cuộc đảo chính 11/9 đã làm thay đổi tất cả. Và đạo luật năm 1991 đang được xem xét sửa đổi theo chiều hướng có lợi cho phái thiểu số Thammayuttinikaya và nếu đạo luật này được thông qua thì người đứng đầu giáo hội Phật giáo Thái Lan tiếp theo sẽ là một người thuộc phái Thammayuttinikaya.
Trong khi đó những người thuộc phái Thammayuttinikaya chống đối sư Phra Putthacharn bao gồm những Phật tử tại gia và các nhà sư thuộc hai phái đều muốn thay thế việc đề cử sư Phra Putthacharn bằng một người khác. Và họ cũng đang vận động để việc sửa lại đạo luật năm 1991 được thông qua nhanh hơn. Trong số những người ủng hộ phái Thammayuttinikaya có các thành viên của cơ quan lập pháp Thái Lan. Nhưng những nỗ lực này đang vấp phải sự chống đối của những người ủng hộ sư Phra Putthacharn. Họ đã biểu tình trước toà nhà chính phủ và tố cáo phe đối lập thiếu hiểu biết. Cả hai phe dường như rất cứng rắn và quyết tâm bảo vệ quan điểm của mình đến cùng. Trong khi đó, chính quyền lâm thời hiện nay lại không có biện pháp để giải quyết vấn đề.
Trước tình hình như vậy, người dân Thái cảm thấy bối rối và thất vọng trước những mâu thuẫn triền miên. Còn giới tri thức thì cho rằng điều đó sẽ làm xói mòn lòng tin của công chúng đối với Phật giáo. Những gì người Thái cần hiện nay không phải là việc sửa đổi các đạo luật mà là một sự cải cách triệt để nhằm làm sống lại những lời dạy của Đức Thế Tôn mà từ lâu đã bị lãng quên ở Thái Lan.
