Đến đời Lê Trung Hưng (1615), chùa được dời vào trong đê Yên Phụ, dựng trên nền cũ cung Thúy Hoa (thời Lý) và điện Hàn Nguyên (thời Trần). Trong các năm 1624, 1628 và 1639, chùa được tiếp tục trùng tu, mở rộng.
Trạng nguyên Nguyễn Xuân Chính đã soạn bài văn bia dựng ở chùa vào năm 1637 về công việc tôn tạo này. Đầu đời Nguyễn, chùa lại được trùng tu, đúc chuông, đắp tượng.
Năm 1821, Vua Minh Mạng đến thăm chùa, ban 20 lạng bạc để tu sửa. Năm 1824, Vua Thiệu Trị đến thăm chùa, ban 1 đồng tiền vàng lớn và 200 quan tiền, cho đổi tên chùa là Trấn Bắc.
Nhưng tên chùa Trấn Quốc từ đời Vua Lê Hy Tông đã được nhân dân quen gọi cho đến ngày nay.
Chùa đã được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử – văn hóa quốc gia.
Cũng giống như hầu hết những ngôi chùa khác trên đất nước Việt, chùa Trấn Quốc có nhiều lớp, có nhà bái đường, nhiều tượng Phật từ thấp đến cao, từ to đến nhỏ, vàng son lấp lánh, hương khói quanh năm… Đặc biệt có pho tượng Thích Ca nhập Niết Bàn bằng gỗ thếp vàng lộng lẫy.
Chùa còn có 14 tấm bia, trong đó có bia của Trạng nguyên Nguyễn Xuân Chính, tiến sĩ Phạm Quý Thích dựng năm 1639 và 1015…
Chùa Trấn Quốc nằm trên bán đảo phía đông của Hồ Tây, nên thuộc đất làng Yên Phụ, nơi có ngôi đình thờ thánh. Vào mùa xuân hằng năm dân làng tổ chức đám rước từ đình sang chùa rồi từ chùa về làng bằng cả một đoàn thuyền nối nhau cờ reo trống thúc tưng bừng.
Người vào chùa Trấn Quốc, ngoài việc thành tâm lễ Phật còn là để có một chút ngao du ngắn, được thăm một danh lam nổi lên thanh bình giữa phố phường ồn ào, tất bật. Tịch mịch ngay giữa lòng thành phố, cái đáng quý còn đáng được bình phương lên nữa.
Nhân dịp đón xuân Canh Dần, Phattuvietnam.net xin giới thiệu video về ngôi chùa cổ soi bóng hồ Tây này để quý Phật tử xa gần, nếu không đến tận nơi đi lễ đầu xuân, thì cũng có thể qua Trang tin, gửi lòng thành kính về ngôi cổ tự này.