Tổ đình Từ Đàm vốn được xây dựng trong khoảng từ năm 1683 đến 1693, do Thiền sư Minh Hoằng Từ Dung, người Trung Hoa khai sơn tại núi Hoàng Long, đất Thuận Hóa. Năm 1703, ngôi thảo am đã được vua cấp chiếu chỉ xây dựng và ban hiệu Sắc từ Ấn Tôn tự. Đến thời Tây Sơn (1786-1801), rất nhiều chùa chiền đã bị phá hủy, Sắc từ Ấn Tôn tự cũng cùng chung số phận. Năm 1808, thời Gia Long, ngài Đạo Tâm Trung Hậu đã đứng ra trùng tu, xây dựng lại chùa quy mô hơn và cho đúc một quả chuông đồng nặng 416 cân, khắc ấn triện hàng chữ “Gia Long tuế thứ Quý Dậu niên mạnh hạ nhị thập tam nhật mùi thời chú”. Vua cũng đã hạ chỉ đổi tên chùa thành Từ Đàm tự.
Từ đầu thế kỷ XX cho đến nay, Từ Đàm được xem là điểm son của Phật giáo Huế. Năm 1932, Từ Đàm là trụ sở của An Nam Phật học hội và chính thức trở thành chùa Hội. Năm Bảo Đại thứ 13 (1938), lễ đặt đá xây dựng chùa Từ Đàm đã được tổ chức trọng thể. Đến năm 1952, Hội nghị thống nhất Phật giáo Việt Nam – Họi nghị có ý nghĩa quan trọng cho sự tồn vong của đạo pháp – đã được tổ chức tại đây với 51 đại biểu chính thức của 6 tập đoàn Tăng già và cư sĩ cả ba miền cùng với hơn 300 Phật tử về tham dự. Hội nghị kéo dài trong suốt bốn ngày, kết quả là Tổng hội Phật giáo Việt Nam ra đời, do HT. Thích Tịnh Khiết làm Hội chủ. Ban Quản trị Trung ương của Tổng hội Phật giáo Việt Nam đặt trụ sở tại chùa Từ Đàm. Đây cũng chính là nơi phát xuất công cuộc bảo vệ đạo pháp nhân sự kiện chính quyền Ngô Đình Diệm ra quyết định triệt hạ cờ Phật giáo mùa Phật đản năm 1963.
Như vậy, ngôi Tổ đình Từ Đàm không những có vai trò tích cực trong việc bảo tồn và phát huy đạo pháp, mà còn đóng vai trò quan trọng trong sự tồn vong của đạo pháp và dân tộc từ đầu thế kỷ thứ XVIII cho đến ngày nay. Từ Đàm cũng là nơi ghi dấu cuộc đời tu học và hành đạo của rất nhiều chư tôn thiền đức như chư vị Hòa thượng: Thích Phước Huệ, Thích Giác Tiên, Thích Giác Nguyên, Thích Chơn Thiệt, Thích Tịnh Khiết, Thích Giác Nhiên, Thích Tôn Hậu, Thích Mật Nguyện, Thích Mật Hiển, Thích Viên Quang, Thích Thiện Hoa, Thích Thiện Hòa, Thích Trí Thủ, Thích Trí Tịnh, Thích Tâm Thông, Thích Trí Nghiêm, Thích Trí Quang, Thích Trí Nghiểm, Thích Huyền Quang, Thích Tâm Hoàn, Ni trưởng TN Diệu Không v.v…, đặc biệt là HT. Thích Thiện Siêu, trú trì Tổ đình từ năm 1947 cho đến lúc viên tịch.
Xung quanh vấn đề trung tu cũng đã có khá nhiều ý kiến được đặt ra và bàn thảo… Vì lẽ đó, Ban Trùng tu đã nhiều lần thỉnh thị tôn ý các bậc trưởng thượng và đã được hoan hỷ qua bản thiết kế lần thứ tư. Sự thận trọng cần thiết ấy là nhằm “xây dựng một ngôi nhà chung, nơi mà Tăng Ni Phật tử đã gởi trọn tình yêu thương cho một Từ Đàm quê hương tôi” này. Việc trung tu Tổ đình vì vậy đã được quyết định thông qua việc giữ lại kiến trúc, cách thờ tự cũ, đồng thời mở rộng thêm không gian nhằm đáp ứng cho nhu cầu hành lễ ngày càng đông của chư Tăng và Phật tử.
Tổ đình Từ Đàm sau khi được trung tu hẳn sẽ đem lại cho Phật giáo Huế một diện mạo mới. Tuy nhiên, mong mỏi của phần đông những người Phật tử xứ Huế nói riêng và những người Phật tử Việt Nam nói chung là Từ Đàm vẫn sẽ là “chiếc nôi”, là “quê hương” của Phật giáo đất Thần kinh, vẫn sẽ kế thừa và phát triển những nét đẹp trong sinh hoạt vốn đã trở thành truyền thống của Phật giáo Huế.
