Hòa Thượng Thạch Liêm cùng Hội đồng thập sư sang mở đàn truyền giới tại chùa Thiền Lâm, Linh Mụ tại Huế và chùa Di Đà tại Hội An. Trong phái đoàn này gồm có các vị Thiền sư danh tiếng như: Minh Hoằng Tử Dung, Minh Hải Pháp Bảo, Minh Vật Nhất Tri, Minh Lượng Thành Đẳng v.v…
Sau khi giới đàn hoàn mãn thì chư tổ đi giáo hóa khắp nơi và tổ Minh Hải Pháp Bảo vào Hội An khai sơn lập chùa Chúc Thánh, xuất kệ truyền thừa lập nên Thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh. Như vậy, ngôi cổ tự đã có niên đại trên 300 năm.
Hiện nay, chùa toạ lạc trên địa bàn phường Tân An đã được công nhận là Di tích lịch sử – văn hoá cấp quốc gia.
Sau 4 năm trùng tu, tôn tạo với kinh phí gần 8 tỷ đồng do tăng ni, Phật tử trong và ngoài nước đóng góp, ngôi chùa được xây dựng lại hoàn toàn với 8 hạng mục chính gồm: Chính điện, nhà tổ, trai đường, nhà linh, nhà tăng… Nội thất ngôi chùa có nhiều pho tượng cổ được phục chế nguyên trạng; cổng Tam quan xây mới bên cạnh cổng cũ, khuôn viên có tượng đài Quán Thế Âm lộ thiên cùng 2 nhịp cầu có mái nối mô phỏng theo Chùa Cầu – Biểu tượng của Di sản văn hoá thế giới Hội An.
Chùa hiện nay là một điểm đến hấp dẫn của du khách khi đến phố cổ Hội An.
Tam quan mới
Tam quan cũ
Kiến trúc mới được đắp thêm bên cạnh tam quan cũ trông không được hợp mắt
Khuôn viên chùa rất rộng rãi
Chính điện chùa Lâm Tế Chúc Thánh
Chính điện
Cây cảnh tại sân chùa
Kiến trúc nội điện
Sân sau chùa
Mô hình chùa Cầu
Nhà Tổ
Hành lang nhà Tổ
