Chùa Từ Vân tọa lạc tại số 9 đường Trần Nhật Duật, TP.Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Chùa do Tổ khai sơn – cố Đại lão HT.Thích Nhơn Trực (1886-1987) kiến lập.
Tổ khai sơn chùa Từ Vân húy thượng Như hạ Chất, tự Tâm Phát, hiệu Nhơn Trực, thuộc đời thứ 42 dòng Lâm Tế Liễu Quán. Ngài thế danh Võ Phương, sinh năm 1890 tại Gò Dưa, Phước Hải nay là phường Phước Hải, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Ngài là đệ tử của Tổ Phước Tường, húy thượng Thanh hạ Chánh, tự Quảng Đạt, hiệu Phước Tường. Dòng Lâm Tế Liễu Quán đời thứ 41, ngài là đồng sư với Bồ tát Thích Quảng Đức- Hòa thượng Thích Nhơn Tri, húy thượng Thị hạ Thủy, tự Hạnh pháp.
Ngài khai sơn sáng lập chùa Từ Vân năm 1952, tại số 9 Trần Nhật Duật, phường Phước Tiến, TP.Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa, trên một vùng đất rộng mênh mông giữa lòng thành phố biển, đáp ứng với nhu cầu chiêm bái của đồng bào Phật tử vùng đất mới (Xóm Mới). Ngày xưa, lúc mới xây dựng chùa, nơi đây là một bãi cát bao bọc từ đường Trần Nhật Duật giáp với đường Nguyễn Trãi và vòng qua đường Phù Đổng thành một vòng cung ranh giới giữa hai phường Phước Tiến và Phước Hòa.
Sau hơn 60 năm xây dựng và phát triển chùa Từ Vân Nha Trang đã trải qua nhiều lần trùng tu: lần thứ nhất năm 1964, sau mùa pháp nạn Phật giáo miền Nam 1963, sau cơn mưa trời lại sáng. Phật giáo Khánh Hòa, sau pháp nạn 1963 có nhiều khởi sắt đặc biệt, nhiều tự viện được trùng tu, đồng bào phật tử đến chùa mỗi lúc một đông.
Trùng tu lần thứ hai năm 1970, lần thứ ba năm 1974 và trùng tu gần đây nhất vào năm 1988, ngôi chùa có quy mô phạm vũ huy hoàng trang nghiêm tú lệ như hiện nay gồm: Chánh điện, hậu Tổ, đông lan, Tây trúc, nhà trù, phòng thuốc Từ thiện, cổng Tam quan, Tháp Tổ Khai sơn, Bửu tháp Xá lợi, tượng Phật Mẫu Chuẩn Đề lộ thiên…
Đại lão HT.Thích Nhơn Trực ngài không những là Tổ Khai sơn chùa Từ Vân (Nha Trang), mà ngài còn là trú trì chùa Linh Phong, chùa Long Quang (Nha Trang). Ngài là vị gia trì hiển mật uy danh, oai đức một thời của Phật giáo tỉnh Khánh hòa. Ngài là bậc tiền bối đã truyền trao Gia trì hiển mật cho nhiều Tôn đức gia trì hiện nay, đồng thời ngài là Tổ của đoàn Múa Lục cúng hoa đăng (Ninh Hòa).
Sau năm 1980, ngài được GHPGVN tỉnh Phú Khánh suy tôn Đàn Đầu Đệ Tam Hòa thượng và được cung thỉnh Hội đồng Chứng Minh Đạo Sư Giáo Hội Phật Giáo Việt Nam.
Đại lão HT.Thích Nhơn Trực đã thâu thần an tường viên tịch vào ngày 28-7 năm Đinh Mão (1987), trụ thế 102 năm (1886-1987). Ngài là bậc tôn túc có tuổi thọ cao nhất của Phật giáo Khánh Hòa từ trước đến nay. Tháp ngài hiện tôn trí tại chùa Từ Vân (Nha Trang).
Kế thừa đệ nhị trú trì chùa Từ Vân là HT.Thích Minh Trí (Lương y Lê Khắc Đàm). Chùa Từ Vân hiện nay không chỉ là nơi phật tử sớm tối đi về tụng kinh, niệm Phật, tu nhân, hướng thiện, mà tại chùa còn có phòng mạch, bốc thuốc Đông y cứu người đã từng cứu chữa cho nhiều bệnh ngặt nghèo bệnh viện, bác sĩ từ chối, vì thế đã được bà con đồng bào phật tử khắp nơi tìm về nương nhờ của Phật trị bệnh…
Nét đặc biệt của chùa Từ Vân (Nha Trang) là không có thùng Phước Sương. Thầy trú trì không nhận cúng dường bằng tịnh tài của mọi người. Thầy làm thuốc cứu người, nuôi mình, để không phải mắc nợ đàn na tín thí… “
