Tương truyền, nơi dựng chùa là nền cũ cung Từ Hoa có từ đời Lý. Nguyên công chúa Từ Hoa là con gái vua Lý Thần Tông đã đem cung nữ tới khu vực này trồng dâu, chăn tằm, mở ra trại Tàm Tang (tằm dâu), sau đổi tên là phường Tích Ma, rồi Nghi Tàm theo tên gọi ngày nay.
Lịch sử chùa Kim Liên còn được ghi lại trong sách Tây Hồ chí như sau: “…đến đời Trần dựng trên nền cung Từ Hoa một ngôi chùa, gọi là Đống Long tự. Sang đời Lê, năm 1631 dân làm lại chùa, đổi tên là Đại Bi. Sau đó, chúa Trịnh Cương có lệnh cho trùng tu. Đến năm 1771, chúa Trịnh Sâm cho dỡ chùa Bảo Lâm và chùa Quán Sứ đem gỗ lạt về tu bổ lại chùa này và đổi tên là chùa Kim Liên”. Cái tên Kim Liên ra đời từ đó.
Trong số các đình chùa Hà Nội thì chùa Kim Liên được đánh giá là một trong những ngôi chùa đẹp còn lưu giữ nguyên vẹn nét kiến trúc cổ xưa nhất. Chùa xây theo kiểu chữ Tam gồm ba nếp, mỗi nếp có hai tầng mái với các đầu đao cong vút mềm mại. Các tường chùa được liên kết với nhau bằng gạch trần có trổ cửa sổ tròn lồng chữ nhà Phật. Trong chùa hiện còn lưu giữ một pho tượng có hình dáng
một người trung niên, râu ba chòm, mình mặc áo cà sa nhưng tay cầm hốt, đầu đội mũ dành cho vua quan. Có thuyết bảo đó là tượng chúa Trịnh nhưng cũng có người bảo đó là tượng vị hòa thượng coi giữ chùa, nguyên là nội thị trong phủ Chúa thời Trịnh Cương. Ngoài pho tượng này, ở gian giữa chùa có bức hoành phi “Hoàng uẩn” (đạo lý sâu sắc và rộng rãi) làm năm 1870. Bức hoành phi Liên hoa hải hội (cảnh sum vầy vui đẹp nước Phật) thì mới làm năm 1930.
Một góc chùa
Ngoài bố cục đẹp, cổng chùa còn có kiến trúc độc đáo, trang nhã, thanh thoát với những bức chạm nổi tinh xảo. Hiện chùa còn lưu được một hiện vật quý là tấm bia có niên đại Thái Hòa thứ 3, tức năm 1445. Đây là tấm bia cổ nhất hiện thấy ở nội thành Hà Nội, chỉ tiếc chữ đã mờ gần hết. Riêng tấm bia có niên đại Tự Đức thứ 21 tức năm 1868 thì cho biết đợt trùng tu lớn vào năm 1861-1867.
Trong không gian thoáng đãng nhuốm màu thiền tự, nét độc đáo cổ xưa của Kim Liên tự hẳn sẽ khiến du khách thư thái phiêu du trong cõi Phật. Giữa mênh mang nước Hồ Tây, người ta sẽ tìm được trong vẻ tĩnh lặng của chùa sự thanh thản tận cùng.
