Chùa Mỹ Sơn tọa lạc tại Dục Mỹ, thuộc thôn Tân Khánh 2, xã Ninh Sim, thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa. Dục Mỹ là một vùng đất cách thị trấn Ninh Hòa khoảng 14 cây số về hướng Tây, sát quốc lộ 26. Bao bọc bởi những dãy núi trập trùng, cho nên từ trên đèo cây số 24 nhìn xuống Dục Mỹ là một thung lũng rộng. Dục Mỹ trước kia nằm tại thôn Tân Mỹ, xã Ninh Xuân. Sau hiệp định Genève 1954, sư đoàn 15 Khinh Chiến (tiền thân của sư đoàn 23 Bộ Binh sau này) về đóng tại Dục Mỹ. Dục Mỹ hiện nay là một khu vực thuộc xã Ninh Sim bao gồm 2 thôn Tân Khánh 1, Tân Khánh 2 và một phần thôn Tân Lập
Chùa Mỹ Sơn do Đại đức Thích Hạnh Ý, húy thượng Tâm hạ Đường, đời thứ 43 dòng Lâm Tế Liễu Quán, khai sơn sáng lập năm 1958. Ngài là đệ tử của Tổ Nhơn Sơn húy thượng Trừng hạ Nghệ, tự Thiện Tinh (Tổ Khai sơn chùa Thiền Sơn, Lỗ Mây, Trường Lộc, Ninh Hưng) là pháp đệ và là bào đệ của Hòa thượng Thích Hạnh Hải – húy thượng Tâm hạ Phước, nguyên Chánh Đại diện GHPGVN thị xã Ninh Hòa, và TT. Thích Hạnh Ðịnh húy thượng Tâm hạ Tại. Cả ba anh em Ngài đều xuất gia đầu Phật.
Ban đầu ngôi chùa Mỹ Sơn đơn sơ mái tranh vách đất, là nơi tụng kinh, niệm Phật, lễ bái của người dân tìm vùng đât mới “Tân Khánh” và các gia đình binh sĩ tại quân trường Lam Sơn (Dục Mỹ). Nơi đây được bao quanh bởi hai con suối lớn, một con suối từ suối Nước Nóng Trường Xuân chảy qua cầu Buôn Ðun, sau lưng Trung Tâm Huấn Luyện Lam Sơn, đổ về suối Ðá. Ai dã từng đến Dục Mỹ đều biết đến suối Ðá, bởi vì nơi đây sơn thủy hữu tình…
Từ khi quân trường Lam Sơn thành lập, trại gia binh được xây dựng, dân cư đông đúc, phố xá Dục Mỹ phát triển đáp ứng nhu cầu sinh hoạt của dân chúng. Đất lành chim đậu, nhiều người từ thị trấn Ninh Hòa, Nha Trang đến vúng đât mới sinh cư, lập nghiệp. Chùa Mỹ Sơn ra đời theo nhu cầu đời sống tâm linh của đồng bào Phật tử. Sở dĩ chùa an danh là Mỹ Sơn vì chữ Mỹ gốc lấy từ Dục Mỹ, còn Sơn là núi, là vùng cao của Ninh Hòa.
Năm 1961, sau 3 năm khai sáng, để có đủ chỗ chiêm bái của Phật tử, Đại đức Thích Quảng Tấn cùng đồng bào Phật tử địa phương đã phát tâm đại trùng tu ngôi tam bảo Mỹ Sơn, gồm chánh điện, hậu tổ, nhà linh, nhà khách, đầy đủ tiện nghi để phật tử sớm tối đi về tụng kinh, niệm Phật, tu nhân, hướng thiện.
Đại đức Thích Quảng Tấn – trụ trì chùa Mỹ Sơn từ năm 1961 đến năm 1966.
Kế thừa là Đại đức Thích Toàn Chơn- trú trì từ năm 1966 đến năm 1971.
Đại đức Thích Đổng Viên -trú trì từ năm 1971 đến năm 1975.
Đại đức Thích Phước Nhuận -trú trì từ tháng 8 năm 1975 đến 1966.
Đại đức Thích Tính Nhiệm:- trú trì từ năm 1976 đến năm 1978.
Từ năm 1978 đến 2004 chùa do Ban Hộ Tự và phật tử tự quản lý.
Từ 2005 đến nay Đại đức Thích Nhuận Đàm -trú trì theo Quyết định bổ nhiệm số 55/QĐ/VP của Hòa thượng Trưởng Ban Trị Sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Khánh Hòa.
Mỹ Sơn tự, như cái tên mà Tổ khai sơn đã an danh – một ngôi chùa: đẹp trước mặt là Quốc lộ 26 – con đường Ninh Hòa đi Buôn Mê Thuột và các tỉnh Tây Nguyên hùng vĩ, phía Đông là con đường phố Lê Lợi, phố chính của Dục Mỹ, phía sau chùa là chợ Dục Mỹ, trù phú, sầm uất…
Chùa Mỹ Sơn miền núi Ninh Hòa con đường phía trước còn dài. Một khi duyên lành đến, nhất định Mỹ Sơn sẽ khởi sắt, phát triển, đáp ứng ước mơ, nguyện vọng của đồng bào Phật tử địa phương. Chùa Mỹ Sơn (Dục Mỹ) không những là nơi Phật tử tu nhân, hướng thiện, tụng kinh, niệm Phật, làm lành, lánh dữ mà còn là địa chỉ du lịch văn hóa tâm linh của người dân quê chân chất- vùng núi thị xã Ninh Hòa.
