Chùa Vĩnh Nghiêm nhìn ra ngã ba sông, phía Lục Đầu Giang- Kiếp Bạc, vùng Cẩm Lý cửa ngõ ra vào núi Yên Tử. Bên kia sông là khu đền Kiếp Bạc thờ Hưng Đạo đại vương.
Lịch sử chép lại: Vĩnh Nghiêm là ngôi chùa cổ được xây dựng từ thời nhà Trần ( thế kỉ XIII). Vua Trần Nhân Tông sau khi nhường ngôi cho con trai Trần Anh Tông, Ngài lên Yên Tử xuất gia năm 1299 và sau đặt ra dòng phái Trúc Lâm.
Năm 1304, Tổ (Trần Nhân Tông) giao quyền điều hành giáo hội cho tổ đệ nhị là Pháp Loa. Tháng 4-1308, Trần Nhân Tông về an cư kết hạ giảng pháp tại chùa này.
Tháng 7- 1308, Tổ về Yên Tử và viên tịch tại chùa Hoa Liên. Năm 1313, chùa Vĩnh Nghiêm chính thức được tổ Pháp Loa đặt làm Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam, là nơi đào tạo tăng đồ và sắp đặt Tăng chức, chỉ đạo các chùa trong cả nước.
Về kiến trúc chùa Vĩnh Nghiêm có quy mô lớn, theo một trục hướng Đông Nam gồm 4 khối: Tòa Thiên đường, tòa Thượng điện, nhà Tổ đệ nhất, gác chuông, nhà Tổ đệ nhị và một số công trình khác.
Khối thứ nhất kiểu chữ công, gồm Bái đường, nhà Thiêu hương, Thượng điện với thiết kế khang trang lối tàu bẩy, đao lá, mái 4 đao 8 kèo kiểu con chồng, thượng tam, hạ tứ. Bên ngoài chùa trang trí đắp nổi lối "nề ngõa" hình cuốn thư có ba chữ hình – kì – hà, trang trí hồi văn, hoa lá chạy đường diềm bao quanh.
Nội thất của Thiêu hương được trang trí, chạm khắc lộng lẫy. Trong 3 nếp chùa đều có cửa võng, chạm khắc hoa lá, chim muông, họa tiết tinh vi mềm mại cầu kì được sơn son thiếp vàng, trên là các hoành phi đại tự lớn.
Khối thứ hai cũng làm theo kiểu chữ công nhưng thấp và nhỏ hơn. Đây là nhà Tổ đệ nhất thờ Tổ Hương Vân Trần Nhân Tông. Trong tòa hiện có một tượng hậu đặt ở phía ngoài, 2 gian bên.
Ba Tổ Trúc Lâm đặt ở hậu cung, trên có tấm hoành phi "Trúc Lâm hội Thượng". Khối thứ ba là gác chuông cao 2 tầng 8 mái, treo một quả chuông lớn.
Kiến trúc lầu chuông được kết hợp giữa cấu trúc gỗ và gạch, ở phần giữa bốn đầu bẩy có treo những quả chuông đồng nhỏ.
Khối thứ tư kết cấu kiểu chữ đinh, là nhà Tổ đệ nhị thờ Tổ Pháp Loa, hai bên có dãy nhà Tả vu, Hữu vu mỗi dãy 18 gian rộng, là nơi hàng năm các sư về an cư kiết hạ và các kiến trúc phụ phục vụ sinh hoạt hàng ngày của tăng ni, Phật tử.
Trong chùa có rất nhiều tượng pháp: Tượng Phật, tượng các vị Tổ dòng Trúc Lâm, tượng các vị sư tổ sau này, tượng Hộ pháp, tượng La Hán…
Trong số những đồ thờ tự, có chiếc mõ dài gần nửa mét, đề hai dòng chữ Phạn. Nơi đây còn tàng trữ các bộ ván kinh xưa rộng tới 10 gian nhà có từ 700 năm nay. Là kho sách cổ vô cùng quý giá, như: Sa di tăng Sa lì tỉ khiêu lị (348 giới luật); bộ Yên Tử nhật trình từ thế kỉ 15.
Nhiều kệ ván kinh khắc in, người xưa gọi là mộc thư khố, là hiện vật minh chứng chùa Vĩnh Nghiêm từng thống lãnh 72 chốn tùng lâm.
Hiện nay, kho mộc thư vẫn lưu giữ được 34 đầu sách với gần 3.000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt hai trang sách khắc ngược (âm bản) khoảng 2.000 chữ Nôm, chữ Hán.
Những bản khắc có niên đại sớm nhất, nhiều sách nhất, chữ chuẩn đẹp nhất và đạt đến độ tinh xảo trong số mộc thư còn lưu giữ được ở nước ta.
Các bản mộc thư chủ yếu ghi chép kinh luật nhà Phật, lịch sử hình thành và phát triển thiền phái Trúc Lâm, trước tác của 3 vị tổ thiền phái là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang; ngoài ra còn có các tác phẩm thơ, phú, nhật kí của Mạc Đĩnh Chi và một số vị cao tăng.
Đặc biệt một số mộc thư giới thiệu cách chữa bệnh bằng thuốc nam, cách châm cứu với bản sơ đồ chỉ dẫn các huyệt rõ ràng. Hiện phòng mạch của nhà chùa vẫn kế thừa các bài thuốc ghi trong mộc thư để chữa các bệnh về thần kinh, đau xương khớp và tiêu chảy…
Chùa Vĩnh Nghiêm đã được Bộ Văn hóa (nay là Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch) xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia.
