Chùa được xây dựng từ thời Vua Lý Nhân Tông (1072-1127), lưu dấu tu hành của một vị cao tăng: Thiền sư Từ Đạo Hạnh (theo gia phả thì thiền sư họ Từ tên tục là Lộ, con quan đô sát Từ Vinh, mẹ là Tăng Thị Loan, quê ở An Lãng, huyện Vĩnh Thuận – nay là làng Láng, huyện Từ Liêm (Hà Nội).
Toàn khu chính điện của chùa là một khuôn viên hình chữ nhật rất đẹp, gồm 3 tòa nhà to và dài xây song song hình chữ tam, có hai dãy hành lang chạy hai bên. Phía trên là chùa Thượng, chùa Cao, chùa Một mái, nhà lưu niệm Bác Hồ… Ngoài ra, trong khuôn viên chùa Thầy còn có nhiều hang động hoang sơ: hang Thanh Hóa, hang Cắc Cớ, hang Gió, hang Bò… và gần 50 chiếc bia đá cổ nằm rải rác trong chùa và trên núi.
Về phong cảnh, trước chùa có hồ Long Trì (ao rồng), giữa hồ có nhà thủy đình là hậu trường của nghệ thuật biểu diễn rối nước trong các ngày hội.
Chùa Thầy được Nhà nước xếp loại di tích lịch sử cấp I của quốc gia, một di tích Cách mạng và là công trình kiến trúc cổ có giá trị độc đáo.
Hằng năm, cứ đến ngày 5/3 âm lịch nơi đây diến ra lễ hội chùa Thầy. Lễ hội kéo dài 4ngày thu hút rất đông khách trong và ngoài nước, xứng đáng là một trong những di sản văn hóa độc đáo của Việt Nam.
