Ban đầu chỉ là một thảo am nhỏ có tên Hương Hải để tu hành của Thiền sư Từ Đạo Hạnh, một vị cao tăng thời nhà Lý.
Thiền sư Từ Đạo Hạnh họ Từ, tên tục là Lộ, con quan Đô sát Từ Vinh, mẹ là Tăng Thị Ngọc Loan, quê ở làng An Lãng, huyện Vĩnh Thuận, nay là ngõ Chùa Nền, 1.160 đường Láng, thuộc phường Láng Thượng, quận Đống Đa, Hà Nội. Di tích nền nhà còn lại của gia đình Thiền sư đó chính là chùa Nền (Đản Cơ Tự) Hà Nội ngày nay. Bởi vậy, dân gian có câu thơ:
Nhớ ngày mùng bẩy tháng ba
Trở vào hội Láng trở ra hội Thầy.
Chùa Thầy gắn liền với sự tích và cuộc đời tu hành của Thiền sư Từ Đạo Hạnh. Thiền sư sau khi xuất gia đã sang Tây Trúc (Ấn Độ) cầu pháp cùng với Giác Hải và Không Lộ trở về núi Sài dựng tích trượng, ngày đêm tập tụng.
Đến khi thù cha trả xong, niềm tục lắng trong, lòng thiền rộng mở bèn đi khắp bốn phương tham thiền học đạo. Hàng ngày thường đọc kinh Đại Bi Đà La Ni, tu Mật Tông làm phép chữa bệnh và hoằng dương Phật Pháp cho dân nhân trong vùng.
Lúc ngộ được tâm ấn, Thiền sư trở về giảng đạo, dạy học, hái thuốc giúp dân, dạy cho dân trò chơi múa rối nước, ngài được cho là ông tổ của nghề múa rối nước ở nước ta.
Do đức độ cao thượng thiên tư kỳ vĩ, tiếng ngọc vang vang tâm Phật từ bi, có phép thần thông gọi gió hô mưa, khi gặp hạn hán, ngài đã đốt một ngón tay cầu đảo, gọi gió gọi mưa để cầu mưa xuống cho dân lành cày cấy. Do đó, dân trong vùng cảm phục, kính mến gọi Thiền sư bằng một từ thân mật, gần gũi là “Thầy”. Bởi vậy, núi ngài hóa gọi là núi Thầy, làng ngài ở gọi là làng Thầy, tổng ngài ở cũng gọi là tổng Thầy, chùa ngài tu gọi là chùa Thầy, danh xưng chùa Thầy có từ thời đó.
Thiền sư thị tịch ở động Thánh hóa gắn liền với sự tích trút xác đầu thai làm vua Lý Thần Tông, một câu chuyện mang nhiều yếu tố kỳ bí huyền thoại.
Năm đó là mùa hạ tháng 6 năm Bính Thân, niên hiệu Hội Tường Đại Khánh thứ 7 (1116), đời vua Lý Nhân Tông. Tương truyền vua Lý Nhân Tông(1072-1128) tuổi cao mà chưa có con trai, anh trai là Sùng Hiền Hầu cũng không có con trai nối dõi bèn đi cầu tự. Khi đến Chùa Thầy gặp Từ Đạo Hạnh ở núi Sài Sơn có nói với Thiền sư về việc cầu tự. Đạo Hạnh dặn bao giờ phu nhân sắp đến ngày sinh thì xin báo cho biết trước. Rồi Đạo Hạnh lập đàn cầu khấn sơn thần sau ba năm phu nhân Sùng Hiền Hầu có thai. Khi phu nhân sắp sinh mãi mà không sinh được, bèn sai người đến báo cho Đạo Hạnh. Đạo Hạnh lập tức thay áo tắm rửa rồi vào hang trút xác qua đời.
Cùng lúc đó phu nhân sinh con trai sau này lớn lên ngôi vua là Lý Thần Tông. Có lẽ do việc dùng pháp thuật giết chết Đại Diên trả thù cho cha nên thọ mạng lý Thần Tông ngắn ngủi, chết năm 23 tuổi. Hay việcvua hóa hổ có thể do sử dụng pháp thuật không phù hợp với chính pháp nên bị quả báo chăng. Vua Lý Thần Tông đã cho xây dựng chùa Láng để thờ tiền thân của mình là Từ Đạo Hạnh.
Về phong thuỷ và kiến trúc, chùa Thầy được xây dựng theo thuyết phong thuỷ rất rõ ràng. Chùa được toạ lạc trên thế đất có núi Phật Tích quấn quanh như hình con Rồng là một loài vật đứng đầu tứ linh Long-Ly-Quy-Phượng, được dân gian sùng bái nhất.
Trong văn hoá cổ phương Đông có câu nói như sau: “Rồng có phép biến hoá, Kỳ lân tín nghĩa, Phượng hoàng trị loạn, Rùa báo điều lành”.
Trong đó, Rồng được biết đến uy nghi, thiêng ứng, có vai trò biến hoá, có sức mạnh cứu nhân độ thế.
Chùa xây dựng theo hướng Nam (toạ Quý hướng Đinh, phía trước chùa là ngọn núi Long Đẩu, đầu Rồng, sau lưng Chùa dựa vào núi Thầy là toạ Sơn Huyền vũ là mình Rồng. Nằm trước Chùa là Minh đường có một hồ nước rộng mang trên Long Chiều hay còn gọi là Long Trì ( Ao Rồng). Giữa Long Trì nổi bật nên một Thuỷ đình (nhà rối) giống như viên ngọc nổi giữa hàm Rồng.
Hai bên có hai cây cầu Nhật Tiên Kiều và Nguyệt Tiên Kiều do Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan cho xây dựng vào thời nhà Minh sau khi ngài đi sứ nhà Minh về như là hai nanh Rồng. Xa hơn có hai giếng nước là hai mắt Rồng. Xung quanh núi Thầy có các làng Thụy Khê, Đa Phúc, Khánh Tân và Sài Khê như những chân Rồng.
Bên trái Thanh Long có dòng sông Đáy uốn lượn, bên phải có núi Phật Tích ôm sát lại tạo nên một thế đất như con Rồng đang ngậm một viên ngọc trong vùng tụ khí thiêng.
Phía trước có Chùa Long Đẩu là Đầu Rồng, xa hơn ngoại Minh Đường có chín ngọn núi như một đàn chim Sẻ (hiện nay bị khai thác gần hết chỉ còn một ngọn).
Chùa Thầy được xây dựng kiểu chữ Tam, theo kiến trúc tiền Phật hậu Thánh là một kiểu kiến trúc độc đáo trong kiến trúc Phật giáo Việt Nam.
Chùa không có tam quan, không có lối vào từ phía trước bởi trước tiền đường là hồ Long Trì rộng ôm sang hai bên tạo thành tiền trường sinh hậu chẩm là núi Sài che chở. Theo truyền thuyết thì núi Sài là con Rồng lẻ đàn ( quái Long).
Sau Long Trì là chân chùa tiếp đến là nhà tiền đường năm gian hai trái.
Tiếp theo là toà Điện Phật, nối giữa toà Tiền Đường và Điện Phật là nhà cầu không có cột. Trong toà Điện Phật thờ hai vị hộ pháp, đức Thánh Hiền và Đức Ông.
Phía trong cùng là toà Điện Thánh cao nhất gồm một gian hai trái thờ ba kiếp của Từ Đạo Hạnh “Vi Tiên, Vi Phật, Vi Quốc Vương” sinh hoá tam thân lưu hiển tích.
Gian bên trái từ trong ra thờ Từ Đạo Hạnh nhập định trong khám. Gian giữa thờ ngài ngồi tu hành trên toà sen, gian bên phải thờ Lý Thần Tông là kiếp sau của Từ Đạo Hạnh.
Cũng có thể nhìn kiến trúc Chùa Thầy theo kiểu tiền công, hậu nhất. Trong đó toà tiền đường và toà điện Phật nối với nhau là nhà Cầu theo hình Chữ Công, phía cuối là toà Điện Thánh hình chữ nhất.
Ngoài ra, chùa còn có nhà bia và hai hành lang hai bên thờ Thập bát La hán. Đến với chùa Thầy là đến với sự huyền hoặc, linh dị, có chợ Trời, hang xương người, nơi gắn với truyền thuyết Đức Thánh tổ Từ Đạo Hạnh tu hành hóa kiếp đầu thai làm vua.
Câu chuyện huyền thoại đã làm cho chùa Thầy vốn nổi tiếng với cảnh sắc tú lệ càng thêm vẻ huyền bí, thu hút lữ khách thập phương về đây.
Hội chùa và các nghi lễ Thiền sư Từ Đao Hạnh không chỉ là Thiền sư trong Phật giáo thời lý mà còn là một vị Thánh tối tâm linh trong tâm thức dân gian. Vì thế mà khách hành hương thăm chùa ngoài các Phật tử cùng dân nhân địa phương còn rất nhiều nhà nghiên cứu tâm linh Mật tông, Hiển tông, Kinh dịch, Phong thuỷ….
Lễ hội chùa Thầy là một tín ngưỡng tôn giáo quy tụ nhiều nền văn hoá khác nhau trong văn hoá cổ phương Đông.
Lễ hội được tổ chức từ 5/3 đến hết 9/3 trong đó 5/3 là ngày mộc dục là tắm rửa cho ngài. Lễ này do chính Thiền sư trụ trì chùa tiến hành dùng nước tinh khiết, vải đỏ lau tắm rửa cho ngài trong tiếng tụng kinh gõ mõ của các Phật tử. Miếng vải này sau được cắt nhỏ để các phật tử mang về làm vật tránh tà ma, nước tắm cho ngài còn lại được vẩy vào các du khách thập phương ngày trẩy hội để được mạnh khỏe bình an.
Sau lễ Mộc dục là lễ rước Thánh vào ngày 7/3 chính hội. Đoàn lễ gồm 4 chiếc kiệu do đoàn người chỉnh tề trong trang phục quần trắng áo the dầu quấn khăn đi cùng các kiệu. Đi đầu là kiệu Phật Đình, theo sau là kiệu Bài vị, kế tiếp là kiệu Y phục và cuối cùng là kiệu Lễ vật. Dẫn đường cho bốn kiệu là đoàn người mang gươm vàng, Bát Bảo, có hai người mang quạt và có lọng che kiệu.
Lễ hội chùa Thầy nối tiếng với hội leo núi và chơi hang. Sau khi lễ chùa, vãn cảnh du khách thập phương theo đường mòn lên núi để thưởng ngoạn một quần thể núi hoang sơ nổi lên giữa đồng bằng, thăm cảnh chùa Cao và hang Thánh hóa. Hang Thánh hóa tương truyền là nơi Từ Đạo Hạnh thoát xác.
Như vậy, hang Thánh hóa không chỉ mang màu sắc linh thiêng của lịch sử mà còn có màu sắc của cầu tự vì ảnh hưởng truyền thuyết Quang Thuận (1460 – 1460), đời vua Lê Thánh Tông, Trường Lạc Hoàng hậu cũng lên động chùa cầu tự sinh được vua Lê Hiến Tông. Cũng từ đó có lưu truyền trong dân gian hai câu thơ nhắc nam thanh nữ tú:
“ Động chùa Thầy có hang Các Cớ
Trai chưa vợ nhớ hội Chùa Thầy” .
Do vị trí địa lý chùa Thầy ở phía Tây cách trung tâm Hà Nội gần 30 km, nằm trong cụm di tích xứ Đoài gồm chùa Thầy, chùa Tây phương, chùa Trăm gian… Chùa Thầy không chỉ là công trình kiến trúc cổ có giá trị mà còn là một di sản văn hóa gắn với cuộc đời tu hành của Đức Thánh tổ Thiền sư Từ Đạo Hạnh, là một bộ phận quan trọng di sản văn hóa phi vật thể quý báu của dân tộc.
Hội chùa Thầy là nét đẹp văn hóa nhằm thỏa mãn khát vọng về cội nguồn, một nhu cầu văn hoá tâm linh trong chuỗi văn hóa cộng đồng góp phần cho việc bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa dân tộc. Nam thanh nữ tú cầu có lứa có đôi, các gia đình hiếm muộn cầu tự con cái, các nhà nghiên cứu văn hóa, nghiên cứu khoa học đến tìm hiểu chia sẻ, khai thác những giá trị lịch sử văn hóa, danh lam thắng cảnh, công trình kiến trúc độc đáo, môi trường phong thủy hoàn chỉnh được thiên nhiên ưu đãi ở nơi này.
