Nơi đây còn lưu câu ca dao: “Ngàn năm nay có mấy chùa/ Có chùa Thánh Chúa hai vua tôn thờ”. Theo Đại Việt sử ký toàn thư thì chùa đã có từ trước năm 1064, đã là nơi lui tới của hai vua triều Lý và triều Lê.
Chùa được xây dựng thời Lý, trước năm 1064, tại làng Vòng, một làng cổ, nơi sản sinh ra cốm Vòng nổi tiếng. Sau chùa trở thành di tích chung của hai phường Dịch Vọng và Mai Dịch, quận Cầu Giấy.
Về lịch sử liên quan đến chùa, sách Đại Việt sử ký toàn thư tập I có chép: “Quý Mão chương Thánh gia khánh năm thứ 5 (1064) Tống Gia Hựu năm thứ 8. Bấy giờ vua xuân thu đã nhiều, tuổi 40 mà chưa có con trai nối dõi, sai tri hậu nội thần Nguyễn Bông làm lễ cầu tự ở chùa Thánh Chúa, sau đó Ỷ Lan phu nhân có mang sinh hoàng tử Càn Đức – tức Nhân Tông”.
Chùa khi ấy toạ lạc trên một gò đất cao, xung quanh cây cối xanh tươi rậm rạp, sát chùa có hồ trồng sen, nước trong xanh.
Thời ấy xóm thôn còn thưa thớt, đồng ruộng gò đống mênh mông, cảnh chùa trang nghiêm u tịch. Vua Lý Thánh Tông cùng nguyên phi Ỷ Lan thường xuyên về chùa nghỉ ngơi vãn cảnh và nghiên cứu Phật pháp, là nơi nguyên phi làm lễ cầu tự, nơi lui tới của nguyên phi khi vua Lý đi đánh giặc phương xa, để bà thay vua buông rèm nhiếp chính.
Theo sử sách ghi lại, gần 400 năm sau, chùa lại là nơi ẩn tích của bà Ngô Thị Ngọc Giao cùng con là thái tử Lê Tư Thành, bởi loạn Nghi Dân. Sau loạn, thái tử được hai vị tôi trung thành của triều đình là Đinh Liệt và Nguyễn Xí rước về lên ngôi hiệu là Lê Thánh Tông. Sau vua nhớ ơn đã phong tặng cho sư sãi và trùng tu lại chùa.
Chùa Thánh Chúa là một ngôi chùa có lịch sử dài lâu, từng được chính nguyên phi Ỷ Lan cho tu sửa. Đôi câu đối tại tiền đường chùa còn ghi: Lý triều ngự giá quang lâm tích niên bút lực/Bắc quốc tượng công kiến trúc kim nhật trùng tu (có nghĩa: Xa giá của vua triều Lý đến đây năm xưa ghi lại/ Thợ của nước phương Bắc xây dựng ngày nay trùng tu).
Trong hai cuộc kháng chiến chống ngoại xâm sau này, chùa Thánh Chúa còn là nơi tập kết của nghĩa quân, là nơi đề ra kế hoạch phục giết tên quan năm Pháp ngày 19 tháng 5 năm 1883.
Đây cũng là nơi tập kết của du kích hồi kháng chiến 9 năm, là trạm giao liên, là trụ sở của Quận uỷ Trấn Tây, địa điểm liên lạc giữa Quận uỷ và Thành uỷ Hà Nội, giữa vùng tạm chiến và vùng tự do.
Trải qua thời gian, chùa đã được trùng tu nhiều lần. Hiện nay, chào mừng 1000 năm Thăng Long – Hà Nội, chùa Thánh Chúa đang tiếp tục được trùng tu, tôn tạo và xây bảng chỉ dẫn lớn đặt ngay trên mặt phố để người dân có thể biết đến.
Với sự gìn giữ và phát huy ấy, chùa Thánh Chúa vẫn giữ được dáng vẻ uy nghi. Chùa xây hình chữ đinh, gồm bảy gian tiền đường xây theo kiểu đầu hồi bít đốc, bộ vì nóc kiểu “chồng giường giá chiêng”, trên kiến trúc trang trí các hình rồng, phượng, hổ phù.
Cùng với đó là hậu cung, điện mẫu.
Chùa còn lưu giữ được 77 pho tượng lớn nhỏ và nhiều hoành phi câu đối, bia đá, chuông đồng phản ánh phong cách nghệ thuật của các thế kỹ 17 – 20.
Đặc biệt, điện Mẫu còn có một số pho tượng mang phong cách nghệ thuật thế kỳ 19 có giá trị cao. Trên tam quan chùa còn treo một quả chuông được đúc năm Minh Mạng thứ 9 (1828) có khắc bài minh do tiến sĩ Nguyễn Huy Trạc soạn.
Một khánh đồng đúc kiểu cánh dơi nặng 125 cân, niên hiệu Thiệu Trị thứ 5 (1844) có khắc bài minh ghi niên đại và những người công đức. Khác với nhiều chùa, gian chính điện chùa Thánh Chúa có bức tượng A Di Đà lớn thếp vàng, điện phía ngoài bên phải có bàn thờ nguyên phi Ỷ Lan, phía trong là bàn thờ của bà chúa Thượng Ngàn.
Một người nghiên cứu nước ngoài khi đến thăm chùa đã nhận xét: “Chùa là một viên ngọc nằm giữa trung tâm văn hóa”.
Ngày 21/1/1989, chùa đã được Bộ Văn hoá thông tin xếp hạng là một di tích lịch sử văn hóa. Hàng năm, hội chùa Thánh Chúa được mở vào ngày 25 tháng Giêng với nhiều hoạt động văn hóa cổ truyền như hát chèo đò đưa thuyền về Tây Trúc của các vãi bà, múa hoa sen tượng trưng cho sự tinh khiết, múa chim phượng tượng trưng cho sự no ấm hạnh phúc và hát chèo tích Phật, giúp con người luôn hướng thiện, cùng với đó là nhiều trò chơi thể thao dân gian.
Chùa Thánh Chúa và hội chùa là một nét đẹp của di sản văn hoá, một dấu tích của Thủ đô ngàn năm văn hiến.
