Năm 1841, vì phải kiêng tên Nguyễn Phúc Miên Tông của vua Thiệu Trị nên chùa mang tên Liên Phái. Đó là chốn tổ của phái Liên Tông (dòng hoa sen) – một trong những phái thiền của Phật giáo nước ta – xuất hiện cuối thời Hậu Lê (thế kỷ XVII, XVIII).
Chùa chính có hình chữ “đinh”, phía trước có một nếp nhà ngang nằm song song, nối với tiền đường bằng hệ thống vì kèo “Vỏ cua”. Loại kết cấu này thường thấy trong kiến trúc truyền thống ở các tỉnh phương Nam và một số kiến trúc muộn ở Bắc Bộ. Tòa tiền đường có năm gian, bộ khung nhà bằng gỗ với sáu vì kèo đỡ mái, được làm theo kiểu “chồng rường” và kiểu “quá giang cột trốn”.
Trên các kiến trúc gỗ, ở đầu các thanh rường, quá giang có các hoa văn thực vật được chạm nổi, tạo nên cảm giác nhẹ nhàng, thanh thoát nơi cửa thiền. Thượng điện nối với gian giữa tiền đường bằng một nếp nhà dọc ba gian. Các bộ vì kèo ở đây có kết cấu tương tự như ở tiền đường, các cột cái được kê trên chân tảng đá xanh hình trụ tròn.
Trang trí trên các kiến trúc chủ yếu là các đề tài tứ linh và tứ quý. Nét nổi bật ở chùa chính là những cửa võng được sơn son thếp vàng lộng lẫy. Cửa võng được bài trí từ gian giữa tiền đường đến tận vì hậu của thượng điện. Những nghệ nhân ngày xưa đã chạm trổ các cửa võng rất công phu, tỉ mỉ bằng kỹ thuật chạm lộng, chạm thủng với các đề tài tứ linh, đan xen hoa lá mang tính nghệ thuật cao.
Phía sau nhà Tổ có một nền đất cao là vườn tháp. Theo bản vẽ của một người Pháp tên là Louis Bracier thì trước đây ở quanh chùa Liên Phái có 30 ngọn tháp, đến nay chỉ còn 7 ngọn tháp xếp thành hai hàng. Đáng chú ý nhất là tòa Cửu phẩm ở trước chùa. Đó là một ngọn tháp tương đối lớn, có đường nét chạm trổ khá mạnh mẽ. Tòa Cửu phẩm này là kiến trúc quý hiếm vào bậc nhất trong các ngôi chùa ở Hà Nội.
Sau chùa có một ngọn tháp bằng đá xanh cao 5 tầng, hình tứ giác. Đây là tháp của Tổ Cứu Sinh. Trên cùng có bầu nước cam lộ, dưới có diềm cánh sen nhọn. Viền chân tháp là hình hoa sen, chạm nổi, cánh hoa to, nhọn, thân cánh sen hai lớp, giữa có hoa văn xoắn hình đao lửa, đó là đặc trưng của nghệ thuật chạm khắc thời Hậu Lê ở nước ta.
Trong lòng tháp có bài vị của Tổ Cứu Sinh, trên trần viền khối hình bát quái, bao quanh vòng tròn âm dương. Ở chân tháp tầng một có hình lân chầu, hoa sen nở xen kẽ lá lật ở ô phía trước. Hai bên tháp cũng chạm lân chầu và xen kẽ lá lật rất mềm mại.
Tấm bia “Gia phả ký” hiện còn lưu giữ ở chùa cho biết: Thượng sĩ Cứu Sinh tên thật là Trịnh Thập, là vị sư tổ nơi đây được triều Lê phong làm hòa thượng. Trịnh Thập là em ruột của chúa Trịnh Cương (1709 – 1729), năm 1696 kết hôn với công chúa thứtư của vua Lê Hy Tông (1675 – 1705).
Ông là người sùng đạo Phật, có một khu nhà và đất rộng tới 6 mẫu 2 sào ở phường Hồng Mai (sau đổi là Bạch Mai), huyện Thọ Xương. Khi người nhà ông đào đất ở chân gò cao trong vườn để làm bể nuôi cá vàng, ông thấy một ngó sen to. Cho đó là điềm xuất gia nên ông cho dựng một tòa nhà gọi là Ly trần viện (viện tách rời bụi bặm) làm nơi học đạo Phật và xây cạnh đó một ngôi chùa lấy tên là Liên Tông. Ít lâu sau, ông dâng sớ xin đi tu.
Được vua đồng ý, ông đến Yên Tử (nay thuộc Đông Triều, Quảng Ninh) làm học trò của sư Chân Nguyên. Học xong, ông trở về trụ trì ở chùa Liên Tông và là sư tổ thứ nhất của phái thiền Liên Tông.
Trong chùa Liên Phái, bên cạnh các tượng Phật còn có tượng Nguyễn Đăng Giai, một danh thần triều Nguyễn quê ở làng Phù Chánh, huyện Lệ Thủy, tỉnh Quảng Bình. Xuất thân trong một gia đình quí tộc, ông là con trai Hiệp biện đại học sĩ Nguyễn Đăng Tuân, là bố của tiến sỹ Nguyễn Đăng Hoành.
Năm 1825, Nguyễn Đăng Giai đỗ cử nhân, rồi làm quan, từng giữ chức Tổng đốc Hà Ninh (Hà Nội – Bắc Ninh), Thượng thư bộ Hình, Kinh lược sứ Bắc Kỳ… Ở chức vụ nào, ông cũng hoàn thành sứ mạng một cách vẻ vang, được vua Thiệu Trị và vua Tự Đức hết lời khen ngợi.
Năm 1854, khi là Kinh lược sứ Bắc Kỳ, giặc Tống sang quấy nhiễu, cướp bóc ở Cao Bằng, ông chỉ huy quân sĩ đánh dẹp. Đang ở trận địa, ông bị bệnh phải về Hà Nội điều trị, rồi mất vào mùa thu năm ấy. Trước đó, từ năm 1842 đến 1848, Tổng đốc Nguyễn Đăng Giai đã bỏ tiền của và quyên thêm tiền thập phương xây chùa Báo Ân gồm 36 tòa nhà, 108 gian, nhiều tháp, cầu đá, hồ sen.
Năm 1882 trong chiến dịch đánh chiếm Hà Nội lần thứ hai, giặc Pháp biến chùa thành cơ sở hậu cần, bọn sĩ quan, binh lính hủy hoại điện thờ, cướp tượng Phật. Năm 1889, chính quyền Pháp triệt phá chùa, lấy đất xây nhà Bưu điện và dinh thống sứ Bắc Kỳ (nhà khách Chính phủ bây giờ). Dấu tích của chùa Báo Ân còn lại là tháp Hòa Phong đứng bên hồ Hoàn Kiếm. Sau khi không còn chùa, tượng Nguyễn Đăng Giai được đưa về chùa Liên Phái, thờ trong nhà Tổ.
Chùa Liên Phái là một công trình tôn giáo có giá trị về kiến trúc, điêu khắc, lịch sử Phật giáo. Vì thế chùa đã được xếp hạng di tích văn hóa cấp quốc gia đợt đầu tiên, từ năm 1962. Ngôi chùa quý giá này xứng đáng được bảo tồn cho hôm nay và mai sau.
