Thập niên 1860 có vị tu sĩ từ miền Ngũ Quảng vào chọn nơi đây làm chỗ dừng chân tu hành. Sơ khởi là am nhỏ, ông khai hoang mở đất làm rẫy sinh sống. Đến cuối thế kỷ 19, gia tộc ông Cả Lảm là người mộ đạo, hiến 30 công đất để xây chùa và làm tự điền, hằng năm có hoa màu, lúa thóc phục vụ lễ lạc, xây dựng. Chùa được đặt tên là Long An.
Năm 1931 Hòa thượng Thích Khánh Anh đang làm pháp sư tại trường Gia giáo chùa Giác Hoa (Bạc Liêu) được thỉnh về làm trụ trì để hoằng khai đạo pháp. Lúc này tăng đồ và phật tử theo học rất đông. Đến năm 1842 Hòa thượng Khánh Anh về chùa Phước Hậu, các Hòa thượng Thiện Lực, Thiện Trang, Nhựt Liên… lần lượt được trông nom ngôi Tam bảo. Chùa có kiến trúc cổ kính gồm chính điện, hậu liêu, nhà trai trên diện tích khoảng 500m2, nền được cuốn gạch đại cao 0,5m. Tiền điện hướng Đông Bắc nhìn ra QL 54. Bao quanh là khuôn viên rộng thoáng, có cổ thụ sao dầu dương, bờ tre, khóm trúc, cây trái tạo nên cảnh quan đẹp, yên tĩnh.
Đến thập niên 1960 chùa do tu sĩ Hồ Văn Lục pháp danh Thích Phước Y chăm sóc. Thời gian này do hoàn cảnh chiến tranh, bom đạn, thiên nhiên tác hại, lại xa khu dân cư, chùa dần dà xuống cấp. Tu sĩ Phước Y thu hẹp chính điện, quay mặt về hướng Đông. Ông vận động phật tử xây nhà Tổ, cổng tam quan, tháp các Tổ, trồng thêm hoa kiểng.
Tháng 4 năm 2000 do tuổi cao sức yếu, Ban trị sự Phật Giáo Vĩnh Long điều Đại đức Thích Tuệ Quang là môn đệ của Thượng tọa Thích Thanh Từ về quán xuyến. Chỉ trong thời gian ngắn, chùa đã xây dựng thêm nhà trai, hai thất tịnh, cải bổ lại huê viên, tạo vườn tược quanh chùa đẹp đẽ, trang nhã. Tính từ các Tổ khai sáng mà công dày đạo trọng là Hòa thượng Khánh Anh đến Đại đức Tuệ Quang, ngày nay chùa Long An trải qua bốn, năm đời trụ trì, giám quản và cũng nhiều lần hưng phế… Các di vật xưa còn lại là hai hoành phi: Long An tự, Đại hùng bửu điện, và các câu liễn đối, có câu với nội dung: Phật tức tâm, tâm tức phật tế độ hữu duyên siêu vạn kiếp. Sắc thị không, không thị sắc quang minh vô lượng chiếu thập phương. Tất cả bằng chữ Hán, móc chìm sơn son thếp vàng, tạo tác khoảng 100 năm. Ở nhà Hậu Tổ có bệ thờ có di ảnh cố Hòa thượng Khánh Anh, Thiện Hoa, Thiện Hòa, Nhựt Liên. Quanh sân chùa có tháp trì cốt Hòa thượng Thiện Lực, Thiện Trang…
Có lịch sử hình thành lâu đời, chùa Long An còn là điểm dừng chân của các cao tăng nổi tiếng ở Nam bộ: Khánh Anh, Huệ Quang, Khánh Hòa, Pháp Hải… lập nên Liên đoàn Học xã hoằng dương chánh pháp, truyền bá quốc ngữ. Tiếp đến có Thượng tọa Thiện Hòa, Thiện Hoa trở về duy trì chí hướng các Tổ quy tập được tăng đồ, phật tử khá đông. Cũng tại ngôi chùa này ngày 30 tháng Giêng Tân Sửu (16/4/1961) Hòa thượng Thích Khánh Anh viên tịch khi đang đảm nhận trọng trách là Thượng Thủ kiêm Pháp chủ Giáo hội Tăng già toàn quốc. Trong các thời kỳ đấu tranh giành độc lập, khuôn viên chùa là căn cứ địa hoạt động, giao liên của lực lượng cách mạng huyện Trà Ôn. Các tu sĩ giữ chùa hoạt động hợp pháp đóng góp tiền của vật dụng, thuốc men… cho cách mạng.
