Từ năm 1975 cho đến năm 1992, Thiền Viện bị bỏ hoang. Năm 1992 Thiền Viện được chính quyền và Phật Giáo địa phương bàn giao trở về Tổ Đình Vĩnh Nghiêm (Thành Phố Hồ Chí Minh). Với tư cách Trưởng Môn phái Tổ Đình Vĩnh Nghiêm, cố Hòa Thượng Thích Thanh Kiểm (1920-2000) đã cử Đại Đức Thích Phúc Hải, pháp tử của Hòa Thượng, về làm Trụ Trì từ thời gian đó.
Thiền Viện được xây dựng trên lưng chừng núi lớn, mang đậm nét kiến trúc cổ của Đình Chùa Việt
Ngày 30 tháng 12 năm 2000 (05 tháng Chạp năm Canh Thìn) Hòa Thượng Thích Thanh Kiểm viên tịch tại phương trượng Tổ Đình Vĩnh Nghiêm Thành Phố Hồ Chí Minh. Để tưởng nhớ công đức của Chư Tiền Tổ đã dày công khai sáng già lam và tưởng nhớ đến bậc Ân Sư đã tác thành giới thân tuệ mệnh, năm 2001, Đại Đức Thích Phúc Hải đã xây dựng 3 ngôi bảo tháp phụng thờ Tổ Vĩnh Nghiêm tức Thiền Gia Pháp Chủ Thích Thanh Hanh (1840-1938), cố Hòa Thượng Thích Tâm Giác (1917-1973): Khai sơn kiêm Đệ Nhất Đại Trụ Trì Tổ Đình Vĩnh Nghiêm Tp. Hồ Chí Minh và Vĩnh Nghiêm Thiền Viện Tp. Vũng Tàu, cố Hòa Thượng nghiệp sư Thích Thanh Kiểm (1920-2000): đệ nhị đại trụ trì tổ đình Vĩnh Nghiêm Thành Phố Hồ Chí Minh.
Nay công việc trùng tu đã được hoàn mãn, xin ghi vài lời vào bia để tưởng nhớ công đức chư vị Hòa Thượng đã khai sơn tạo cảnh, tưởng nhớ ân đức của Hòa Thượng Nghiệp Sư cùng chư vị Tôn Đức, quý Phật tử đã hằng tâm hằng sản hỷ cúng để kiến tạo ngôi Vĩnh Nghiêm Thiền Viện được tố hảo như ngày nay. Kính nguyện mười phương Tam Bảo chứng minh và gia hộ cho Phật Pháp trường tồn, nhân dân an lạc, ngôi Thiền Viện này mãi mãi là cảnh giới trang nghiêm thanh tịnh để những người con Phật có cơ duyên tìm về cội nguồn của tâm linh, văn hóa của dân tộc như người xưa đã từng nói:
“Mái chùa che chở hồn dân tộc
Nếp sống muôn đời của Tổ Tông”
Phật lịch: 2547 Vĩnh Nghiêm Thiền Viện
Dương lịch: 2003 Thành Phố Vũng Tàu
Trọng Xuân năm Quý Mùi Tỳ Kheo Thích Giác Dũng
Kính soạn