Trước năm 1891, chùa có tên là Ứng Chân. Sách Danh thắng Non Nước – Ngũ Hành Sơn (Nguyễn Trọng Hoàng, Đà Nẵng, 2000) cho biết vào đời Vua Lê Hiển Tông, niên hiệu Cảnh Hưng (1740 – 1786) có Hòa thượng Quang Chánh, hiệu Bảo Đài đến tu tại động Tàng Chân. Ngài dựng am Dưỡng Chân, sau sửa chữa lại gọi là Dưỡng Chân đường. Đến đời Gia Long, Dưỡng Chân đường được đổi thành chùa Ứng Chân.
Sau khi Vua Minh Mạng đến vãng cảnh chùa đầu tiên vào năm 1825 thì các ngôi chùa tranh tre ở đây mới được thay bằng gạch ngói. Vua đã ban cho chùa tấm biển có ghi Ngự chế Ứng Chân Tự, Minh Mạng lục niên. Đến đời Thành Thái, do kỵ húy tên một vị vua nhà Nguyễn nên chùa được đổi tên là Linh Ứng. Chùa còn tấm biển ghi Cải tứ Linh Ứng Tự, Thành Thái tam niên. Năm 1901, chùa bị cơn bão Tân Sửu tàn phá nặng nề.
Chùa được trùng tu nhiều lần. Năm 1993, Thượng tọa Thích Thiện Nguyện đã tổ chức trùng tu ngôi chánh điện. Chánh điện xây kiểu chữ “Nhất”, bên phải là nhà tổ, giảng đường, nhà khách, nhà thiền và nhà trù. Điện Phật được bài trí tôn nghiêm. Gian giữa thờ đức Phật Thích Ca, gian hai bên thờ Bồ tát Quan Âm và Bồ tát Địa Tạng, phía ngoài có tượng Hộ Pháp và Tiêu Diện. Trước chùa, Thượng tọa cho đắp tượng đức Phật Thích Ca cao 10m, xây đài Quan Âm, tạo vườn cây cảnh.
Năm 1997, Thượng tọa cho xây tháp Xá Lợi bên trái chùa, cao 30m, đường kính tầng dưới 11m, đặt thờ gần 200 tượng Phật, Bồ tát, La hán. Tầng 7 tôn thờ Xá lợi Phật và 7 vị Phật truyền đăng (Tỳ Bà Thi Phật, Thi Khí Phật, Tỳ Xá Phù Phật, Câu Lưu Tôn Phật, Câu Na Hàm Mâu Ni Phật, Ca Diếp Phật và Thích Ca Mâu Ni Phật). Tầng 4, 5, 6 thờ bảo tượng Quan Âm Thiên thủ Thiên nhãn và 84 tượng Đà La Ni. Tầng 3 thờ 33 vị Tổ truyền đăng Ấn – Hoa (từ Tổ Ca Diếp đến Tổ Huệ Năng). Tầng 2 thờ tượng Di Đà Tam Tôn, còn gọi là Tây Phương Tam Thánh (đức Phật A Di Đà, Bồ tát Quan Thế Âm và Bồ tát Đại Thế Chí). Tầng 1 thờ tượng đức Phật Thích Ca, Ca Diếp, A Nan cùng nhiều vị Bồ tát, La hán…
Bậc đá lên chùa
Cổng chùa
Bài có sử dụng tư liệu của Tác giả Võ Văn Tường
