Chùa Kim Liên (Phủ Mại Đức) được khởi tạo năm Canh Tý (1720) trên dải đất bồi ở phía đông Lạch Rù (nay thuộc xã Nga Hưng, huyện Nga Sơn). Đến năm Tân Sửu (1781) vua Lê Hiển Tông sắc phong làng Mại Đức khởi tạo phủ Mại Đức bên cạnh chùa thờ vọng tam vị Quốc Thánh mẫu và Thành Hoàng làng Ngọc Châu công chúa.
Năm Nhâm Tuất (1922) tăng ni, phật tử tiếp tục tôn tạo lại chùa. Hằng năm cứ đến ngày mùng 3, 4 tháng 4 âm lịch làng lại tổ chức lễ hội long trọng với nghi thức rước kiệu, cúng và tế đồng quan, hát văn, múa sư tử và các trò chơi dân gian hấp dẫn như cờ tướng, chọi gà, chơi đu…
Thời kỳ kháng chiến chống Pháp chùa và phủ Mại Đức là cơ sở cách mạng của xã Tân Đức, nơi đặt Văn phòng Chi bộ Đảng. Năm 1964 giặc Mỹ leo thang bắn phá miền Bắc, chùa bị phá. Năm 2001 theo nguyện vọng của đông đảo nhân dân trong và ngoài xã đã xây dựng được hậu cung của phủ để thờ tam vị quốc mẫu, 7 vị thần của làng, năm 2002 xây dựng hậu cung của chùa để thờ Phật.
Nhờ hồng ân Tam bảo gia hộ, được sự quan tâm của các cấp chính quyền, Chùa Kim Liên được khởi công xây dựng từ 11/2011, đến nay việc xây dựng một số hạng mục công trình đã hoàn thành. Đại Đức Thích Tâm Chính – một thạc sỹ triết học, Ủy viên dự khuyết HĐTS TƯ GHPGVN, Chánh thư ký BTS GHPGVN Tỉnh Thanh Hóa, Trưởng BTS GHPGVN huyện Nga Sơn được bổ nhiệm trụ trì. Nhân dịp này, BTS GHPGVN Huyện Nga Sơn, nhà Chùa cùng nhân dân, Phật tử sẽ tổ chức lễ cắt băng khánh thành Ngôi đại hùng bảo điện và An tâm Tượng Chùa Kim Liên vào ngày 27-12-2014 (tức ngày 06/11/Giáp ngọ).
