Tiếp theo vào các năm Nhâm Thân (1692), Giáp Tuất (1694), Đinh Sửu (1697), Mậu Dần (1698), Kỷ Mão (1699) tiếp tục tu sửa lại tiền đường, Hậu cung và hành lang. Năm Chính Hoà thứ 21 (1700) chùa được sửa lại các cột trụ, tạo thêm tượng, mở rộng sân chùa. Năm Cảnh Thịnh thứ 4 (1796) chùa xây thêm gác chuông và mở rộng hai dãy hàng lang.
Thời nhà Nguyễn, đời vua Thành Thái năm thứ 11 (1899) chùa Nôm lại được trùng tu thêm một lần nữa. 100 năm sau lần trùng tu này, qua bao biến đổi thăng trầm của lịch sử cũng như sự phá huỷ của thiên nhiên bão tố, Chùa bị xuống cấp nghiêm trọng.
Tháng 9/1998, Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam bổ nhiệm đại đức Thích Đồng Huệ về trụ trì tại chùa. Từ đó đến nay, đại đức đã cùng Chính quyền, đoàn thể và nhân dân xây dựng lại ngôi chùa ngày càng khang trang, phù hợp với cảnh quan và quần thể di tích tại ngôi làng cổ. Ngày ngày các cụ cao tuổi vẫn cắt phiên nhau đến làm những công việc nhà chùa.
Quần thể di tích làng Nôm cổ kính có những ngôi nhà cổ, có chợ Nôm, Cầu Nôm, đình Tam Giang và đặc biệt là Chùa Nôm – nơi bảo tồn gần như nguyên vẹn hơn 100 pho tượng cổ. Đây chính là một quần thể di tích lịch sử văn hoá có các yếu tố cơ bản tạo thành một làng quê tiêu biểu của Việt Nam.
Ngày 12/2/1994, Bộ Văn hoá thông tin đã cấp bằng công nhận Di tích lịch sử văn hoá cho quần thể di tích này.
Để tôn vinh vẻ đẹp của quần thể di tích này, vừa tạo nơi cho người dân thư giãn vãn cảnh phật, nhà chùa đang thực hiện dự án mở rộng tôn tạo khu vực vườn chùa.
Xin giới thiệu một số hình ảnh về chùa Nôm:
Tường bao quanh chùa làm bằng gạch giả đất ong
Hoa văn và chữ được viết trên cánh cửa cổng Tam Quan
Cổng Tam Quan nhìn từ phía sau
Tháp chuông
Trên tháp chuông (3 tầng) có 3 quả chuông như thế này
Tháp trống
Tương tự như tháp chuông, ở tháp Trống cũng có 3 tầng, mỗi tầng có 3 cái Trống
Tháp Trống và tháp Chuông song song nhau
Khu vực thờ tượng Quán Thế Âm Bồ Tát
Vườn Tháp
Một số hình ảnh khác tại chùa Nôm:
Ảnh: Bùi Hiền