Là một bậc chân tu, Hòa Thượng đã nói rõ ràng và khúc chiết về đường lối tu hành của mình như sau "Khi đi tu, tôi có bản nguyện rằng, mình tu thì phải thực hiện ba điều. Một là phải Học cho tới nơi về Phật pháp. Hai là phải Hành, cái học mình học rồi thì phải thực hành cho đến nơi đến chốn. Thứ ba là đem Phật pháp chỉ dạy lại nếu ai cần. Như vậy, nguyện vọng của tôi rất thuần túy là TU, HỌC và TRUYỀN BÁ PHẬT PHÁP mà thôi. Ngoài ra tôi không quan tâm tới điều gì nữa"
Về chủ trương khôi phục dòng Thiền Trúc lâm Hòa thượng nói "Tôi thấy ở Ấn Độ, ông Hoàng thái tử đi tu rồi ngộ đạo, đem truyền bá chánh pháp. Ở Việt Nam mình, Vua Trần Nhân Tông sau khi qua những chiến tranh rồi, bình yên rồi, Ngài giao hết sự nghiệp cho con cái, Ngài đi tu. Như vậy thì nếu Ngài thấy đạo Phật tầm thường thì không bao giờ Ngài đi tu. Ngài thấy đạo Phật còn cao hơn ngai vàng, cao hơn tất cả những cái thụ hưởng thế gian cho nên Ngài mới tìm đường đi tu. Như vậy Vua Trần Nhân Tông đi tu với lý tưởng không kém gì ông Hoàng bên Ấn Độ. Bởi vậy cho nên tôi trọng đường lối của Vua Trần Nhân Tông mà sau này gọi là Sơ Tổ Trúc Lâm. Lấy đó làm cái chuẩn để khuyến khích người sau tu với một lý tưởng siêu thoát như vậy”.
Trong suốt một thời gian dài, nhất là ở miền Bắc nước ta, việc đến Chùa gần như được đồng nhất với việc cúng bái, cầu xin thần Phật của những người già cả. Chính Đức Đệ tam Pháp chủ của Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Đại lão Hòa thượng Thích Phổ Tuệ đã đánh giá "Rất nhiều năm trước đây , ở miền Bắc nước ta, chùa chỉ là nơi lễ bái của các bà già, gần như tuyệt nhiên vắng bóng nam giới và lớp trẻ . Nhà chùa u ám, vắng vẻ, khu biệt với đời sống xã hội. Điều đó lỗi một phần là do ý thức và cách hành xử của giới lãnh đạo xã hội, một phần cũng là do nhà chùa. Nay ngẫm lại vẫn còn thấy man mác ”.
Hòa thượng Thích Thanh Từ cũng thẳng thắn chỉ ra những bất cập này. Hòa thượng dạy những người bước đầu học Phật như sau "Vì muốn chỉ lẽ chính tà để người mới vào đạo khỏi lầm lẫn, nên chúng tôi mạnh dạn chỉ thẳng những điều sai lầm hiện có trong Phật giáo. Làm như thế, không có nghĩa chúng tôi muốn vạch lưng chỉ theo cho kẻ khác thấy, mà cốt yếu muốn gây dựng lại một nếp sống Phật giáo phù hợp với hiện tại và mai sau. Chúng ta sống trong thời đại khoa học, cần phải truyền bá Phật giáo thích ứng với chân lý gần với sự thật. Bản chất của Phật giáo là chân lý , là sự thật, chúng ta đừng làm méo mó khiến kẻ bàng quan hiểu lầm Phật giáo".
Với công đức to lớn của Hòa Thượng Thích Thanh Từ và các đệ tử của Hòa Thượng, cho đến nay đã có 21 Thiền viện trên khắp đất nước ta. Ở miền Bắc tuy là cái nôi của Thiền tông nhưng lại bị đứt đoạn khá lâu. Từ năm 2000 đến nay Hòa Thượng và các đệ tử đã xây dựng 5 Thiền viện tại các vị trí đặc biệt có ý nghĩa. Đó là Thiện viện Trúc lâm Yên Tử Quảng Ninh, Thiền viện Sùng Phúc -“Đóa hoa sen giữa lòng Hà Nội", Thiền viện Tây Thiên ở Tam Đảo, Thiền viện Giác Tâm ở Cái Bầu Quảng Ninh và sắp tới là Thiền viện Hàm Rồng Thanh Hóa.
Sự ra đời của các Thiền viện theo dòng Trúc lâm của Hòa thượng Thích Thanh Từ đã mang lại một sức sống mới cho Phật giáo phía Bắc. Riêng tại Thiền viện Sùng Phúc mỗi tháng đã có hàng nghìn phật tử đến tu học thiền trong đó có rất nhiều bạn trẻ là sinh viên của các trường đại học Thủ đô. Các câu lạc bộ thanh thiếu niên Phật tử ra đời thu hút hàng trăm bạn trẻ tham gia vào các hoạt động bổ ích tu tâm dưỡng tính, tránh xa các tệ nạn xã hội.
Đây là điều mới lạ chưa từng có ở các chùa chiền miền Bắc trước đây. Các Thiền viện thu hút được ngày càng đông đảo Phật tử và giới trẻ vì cách tu tập và triết lý của Thiền phái Trúc lâm mang đậm tính thời đại: Tu thiền chính là trở lại với tâm mình, đem tâm mình trở về sống với nội tâm thanh tịnh “trực chỉ nhân tâm, kiến tính thành Phật”.
Chính điều này đã thu hút được đội ngũ trí thức trẻ đến Thiền viện vì tuổi trẻ luôn luôn muốn tìm tòi chân lý, không chịu chấp nhận những lý thuyết khô cứng và giáo điều.
Là một nhà tu hành chân chính có kiến thức uyên thâm, Hòa Thượng Thích Thanh Từ không những được Phật tử vô cùng tôn kính mà còn được giới khoa học nước nhà hết sức ngưỡng mộ. Buổi pháp thoại của Hòa Thượng giành cho các giáo sư, tiến sỹ, bác sỹ và những người làm công tác khoa học ỏ Thủ đô về đề tài “Đạo Phật thấy và nói đúng như thật" đã làm cho rất nhiều nhà khoa học sửng sốt, rũ bỏ được những cách nhìn phiến diện trước đây và có quan điểm hoàn toàn mới, đúng đắn về Đạo Phật. Họ đã hiểu được tại sao một nhà khoa học kỳ vĩ như Anhxtanh – tác giả của thuyết tương đối lại khẳng định là Đạo Phật rất khoa học và còn cao hơn khoa học!
